A história se passa dois anos e meio após a partida de Uzumaki Naruto para um treinamento comJiraiya para fora de Konohagakure no Sato. Após seu retorno, Uzumaki Naruto e sua equipe, agora em nova formação, engajam em uma investigação da Akatsuki, e de um possível resgate deUchiha Sasuke, agora sob comando de Orochimaru. O principal empecilho de Uzumaki Naruto, eKonohagakure no Sato, em Naruto: Shippuden é a organização Akatsuki, que procura capturar todos os Jinchuurikis.

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[6ª Temporada]